Przedsiębiorcy często bywają zaskoczeni, że nie figurują już w rejestrze VAT. Mogą oni zostać wykreśleni przez urzędników, gdy nie spełniają swoich obowiązków. Osoby wykreślone nie mogą m.in. wystawiać faktur i odliczać podatku.

Podatnik może zostać usunięty z rejestru VAT przez urzędnika organu podatkowego. Nie ma obowiązku powiadamiania o tym fakcie przedsiębiorcy. W praktyce do wykreślania z rejestru podatku od towarów i usług dochodzi wtedy, gdy podatnik przez dłuższy czas nie dopełnia żadnych obowiązków w zakresie VAT (nie składa deklaracji, nie wpłaca podatku). Określenie „przez dłuższy czas” może być jednak sporne. Pracownicy organów skarbowych wskazują, że zaczynają interesować się przedsiębiorcą w tym zakresie, gdy jest nieaktywny przez co najmniej pół roku. Dodają przy tym, że w każdym przypadku podatnik, który zostanie wyrejestrowany, jest tym faktem zaskoczony i ma przy tym pretensje do urzędu podatkowego.
Postępowanie po ustaleniu materiałów dowodowych.

Podatnik po wykreśleniu z rejestru traci praktycznie wszystkie uprawnienia. Nie może wystawiać faktur. Nie może także dokonać odliczenia podatku naliczonego. Dodatkowo, musi ponieść nieprzewidziane wydatki, bowiem ponowny wpis do rejestru VAT to wydatek rzędu 170 zł.

Organ podatkowy jest uprawniony do wykreślenia podatnika VAT z rejestru w przypadku zebrania dowodów wskazujących na to, że zaprzestał on wykonywania czynności opodatkowanych.
W dwóch przypadkach urząd ma prawo odstąpić od generalnego obowiązku poinformowania podatnika o wykreśleniu:

1. w przypadku ustalenia, że podatnik nie istnieje
2. w sytuacji, kiedy mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem (ewentualnie jego pełnomocnikiem).

Trzeba podkreślić, że nawet, gdyby podatnik nie odbiera korespondencji wysyłanej z urzędu skarbowego, nie stanowi to jeszcze wystarczającej przesłanki do jego wykreślenia bez powiadomienia o tym podatnika. Organ podatkowy musi jeszcze wykazać, że podatnik zaprzestał wykonywania czynności opodatkowanych w sposób, co ważniejsze, trwały i ostateczny.

Etap uśpienia w spółce.

Powyżej wskazano dwie możliwe sytuacje, gdy podatnik może zostać wykreślony z rejestru VAT bez powiadomienia go. Wojciech Pietrasiewicz, doradca podatkowy współpracujący z Baker&Mckenzie jest zdania, że w praktyce wymienione dwie sytuacje zdarzają się dość rzadko.

Pierwsza przesłanka może mieć miejsce w przypadku śmierci podatnika, o której organ podatkowy nie został poinformowany przez następców prawnych. Z chwilą powzięcia wiadomości o tym fakcie organ podatkowy może wykreślić podatnika z rejestru. Obie przesłanki usunięcia podatnika z rejestru, bez powiadomienia go o powyższym fakcie, mogą wiązać się z niedopełnieniem przez podatnika albo inne osoby obowiązków wynikających z przepisów o podatku VAT. Może mieć to miejsce w sytuacji, gdy podatnik zaniechał prowadzenia działalności gospodarczej i jednocześnie niemożliwe jest skontaktowanie się z podatnikiem przez władze skarbowe.