Prawem podatnika VAT jest możliwość odliczenia podatku VAT. Jest to jednak uzależnione przede wszystkim od związku dokonanych zakupów z wykonywaniem przez niego czynności opodatkowanych podatkiem VAT. Odliczenie podatku może nastąpić na podstawie otrzymanych faktur zakupu, faktur korygujących oraz dokumentów celnych.

Uprawnienie podatnika do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanej faktury za nabycie towarów i usług zastało ograniczone przez prawodawcę m.in. art. 88 ust. 3a ustawy o podatku VAT (Dz. U. z 2004 r. nr 54, poz. 535 ze zm.). Artykuł ten wspomina o pewnych okolicznościach, w których otrzymana faktura VAT nie stanowi uprawnia podatnika do odliczenia podatku VAT.
Punkt 1a wspomnianego przepisu określa, że nie mogą stanowić podstawy do odliczenia podatku (ewentualnie zwrotu różnicy podatku albo zwrotu podatku naliczonego) faktury i dokumenty celne. Dotyczy do okoliczności, gdy sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi, w których wystawcą faktury jest podmiot nieistniejący lub nieposiadający uprawnienia do wystawiania faktur lub faktur korygujących

Nie jest jednak łatwą sprawą skontrolowanie, czy wystawca faktury VAT za towary czy usługi jest podmiotem posiadającym wspomniane uprawnienie. Wystawiona faktura VAT przez nierzetelnego kontrahenta może pociągnąć za sobą negatywne skutki – przede wszystkim dotyczące odbiorcy owej faktury. W związku z tym, w ustawie o podatku VAT zawarto przepisy umożliwiające nabywcom weryfikację swoich kontrahentów. Wynika to z art. 96 ust. 13 ustawy. Zgodnie z tym unormowaniem na wniosek zainteresowanego naczelnik urzędu skarbowego jest obowiązany potwierdzić, czy podatnik jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub zwolniony. Zainteresowanym taką możliwością może być sam podatnik, ale także osoba trzecia mająca interes prawny w złożeniu wniosku. Jednak to "zabezpieczenie" interesów nabywców jest stosunkowo niewielkie przyrównując je do skutków finansowych w przypadku zakwestionowania prawa do odliczenia VAT.

Zapatrywanie na kwestię przez organy podatkowe.

Jak dotąd wedle zasady organy podatkowe bezwarunkowo musiały odprowadzić podatek VAT z faktury wystawionej przez organy nieuprawnionej do tej czynności. Z drugiej zaś strony nabywca nie posiadał uprawnienia do odliczenia tego podatku. Jest możliwość zaistnienia okoliczności, w których podatnik odliczyłby podatek VAT z takiej faktury, a dopiero potem otrzymał informację o braku uprawnienia wystawcy faktury do jej wystawienia. W takim przypadku podatnik ma obowiązek skorygowania deklaracji, w której wykazał podatek naliczony z takiej faktury.

Doskonałym przykładem powyższej sytuacji jest rozstrzygnięcie dokonane przez Dyrektora Izby Skarbowej w Rzeszowie w decyzji z dnia 23 stycznia 2007 r., nr IS.II/2-443/305/06. W sprawie tej podatnik dokonał odliczenia VAT z faktury, która wystawiona została przez podmiot niezarejestrowany. Dowiedziawszy się o tym fakcie podatnik skorygował deklarację VAT-7 o odliczony uprzednio podatek z tej faktury. Wpłacił także do urzędu skarbowego powstałą zaległość podatkową. Równocześnie skierował do kontrahenta wniosek o zwrot naliczonego niesłusznie podatku VAT. Kontrahent odmówił zwrotu, informując, że po kontroli podatkowej, której była oddana firma, zarejestrował się jako podatnik VAT. Odprowadził również podatek należny do budżetu - w tym podatek z przedmiotowej faktury. W związku z tym podatnik uznał, że skoro kontrahent zapłacił podatek należny, to w świetle przepisów miał prawo do odliczenia VAT. Zdaniem podatnika, należało w tym przypadku złożyć kolejną korektę deklaracji VAT-7 i wykazać podatek naliczony.