Franczyza nie jest pozbawiona wad – najważniejszą jest uzależnienie biorców od dawcy licencji. Często warunki współpracy akceptowane zanim pojawią się znaczące obroty, stają się rosnącym obciążeniem wraz z rozwojem placówki franczyzobiorcy. Niemożność zmiany procedur i metod, konieczność ponoszenia pewnych kosztów.Poziom opłat na rzecz franczyzodawcy mogą stać się podstawą konfliktu i chęci odejścia z sieci, co czasem nie jest procesem łatwym. Często pojawia się zwykłe rozczarowanie zakupionym modelem i osiąganymi przychodami.
Wady franczyzy dla dawcy nie są tak widoczne jak dla biorcy ale model ten odmiennie od rozwijania firmy własnymi siłami zawiera w sobie ryzyko odejścia partnerów, co w sposób nagły pozbawia franczyzodawcę obecności rynkowej na określonym obszarze.
Ważnym czynnikiem jest również możliwość wyegzekwowania należnych opłat franczyzowych zwykle uzależnionych od obrotów biorcy, co natychmiast nasuwa możliwość ich zaniżania.
Model franczyzowy ma w sobie także wadę, którą jest możliwość jego wdrażania przez niedoświadczonych biznesowo biorców, którzy opierają nadzieję na swój sukces na wsparciu franczyzodawcy. Fakt ten powoduje, iż czasem biorcy nie wdrażają poprawnie, konsekwentnie i skutecznie modelu biznesowego, co potem leży u podstaw ich rynkowej porażki.
