Przedsiębiorcy otrzymujący dotacje mają często kłopoty z rozliczeniem VAT. Pojawiają się wtedy następujące pytania: czy koszt tego podatku może być pokryty dotacją, kiedy od dotacji trzeba zapłacić VAT oraz czy można go odliczyć przy zakupie dotowanych środków trwałych.

Paradoksalnie, pomimo tego że firmy korzystają z funduszy unijnych już od 2004 r. wszystkie trzy kwestie budzą nadal sporo wątpliwości.

Pytanie 1 - Czy VAT może być pokryty dotacją?

Problem ten dotyka podatnika na etapie ubiegania się o dotację. Obowiązujące zasady zaliczania VAT do kosztów kwalifikowanych projektu określają następujące rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (WE):

• nr 1080/2006 – dla wydatków finansowanych z Funduszu Rozwoju Regionalnego oraz
• nr 1081/2006 – dla wydatków finansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego.

Ich zapisy zostały wprost przeniesione do krajowych wytycznych w zakresie kwalifikowania wydatków opracowanych dla poszczególnych programów operacyjnych.

Zgodnie z podstawową regułą VAT może być uznany za koszt kwalifikowany jedynie wówczas, gdy zostanie rzeczywiście i ostatecznie poniesiony, a beneficjent nie ma prawnej możliwości jego odzyskania, np. odliczenia od podatku należnego.

Możliwość ta oceniana jest na podstawie ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej ustawa o VAT). Zatem gdy VAT nie został faktycznie odzyskany, ale według ustawy istniała taka możliwość, koszt podatku pozostanie wydatkiem niekwalifikowanym, a więc niefinansowanym (w odpowiedniej części) dotacją.

Prawo do odliczenia (czyli obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego) lub zwrotu podatku VAT zdefiniowane zostało w art. 86 i kolejnych ustawy o VAT. W praktyce przedsiębiorstwa ubiegające się np. o dotacje na nowe inwestycje w zdecydowanej większości są podatnikami VAT korzystającymi z pełnego prawa do odliczenia VAT zawartego w cenie środków trwałych nabywanych w związku z dotowaną inwestycją. A więc VAT zawsze będzie po stronie kosztów niekwalifikowanych projektu.

Pytanie 2 - Kiedy od dotacji zapłacimy VAT?

Otrzymane dotacje, subwencje lub inne dopłaty o podobnym charakterze podlegają opodatkowaniu VAT, gdy bezpośrednio obniżają cenę towaru lub świadczonej usługi. Tak przynajmniej wynika z art. 29 ust. 1 Ustawy o VAT. Podstawą opodatkowania jest bowiem obrót, z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 Ustawy o VAT. Obrót jest rozumiany jako kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Zarazem obrót ten zwiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze.
Nie każda jednak dotacja zwiększy podstawę opodatkowania, a więc tym samym będzie objęta podatkiem VAT.

Należy na wstępie zastrzec, iż fakt, że dotacja nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT nie oznacza, że nie stanowi przychodu opodatkowanego podatkiem dochodowym. Dla celów obu podatków – VAT i dochodowego – opodatkowanie dotacji należy oczywiście ustalić odrębnie.