Umowa faktoringu oparta jest na przelewie wierzytelności dokonanym przez faktoranta na rzecz faktora, czyli na cesji należności.

Zabezpieczeniem umowy faktoringu jest więc z samej natury tej umowy istniejąca wierzytelność handlowa. Instytucje faktoringowe stosują jednak dodatkowe zabezpieczenia po to, aby ograniczyć ryzyko własne.

Ilość zabezpieczeń oraz ich jakość zależy od:
1) kondycji finansowej faktoranta;
2) stopnia wypłacalności kontrahenta;
3) wartości wierzytelności i terminu jej zapadalności;
4) poziomu wynagrodzenia instytucji faktoringowej.

Przyjęte zabezpieczenia powinny być bardzo dokładnie wyszczególnione w treści umowy faktoringowej, aby nie było wątpliwości której z wierzytelności dotyczą. Zapis o zabezpieczeniu umowy powinien zawierać określenie:
1) formy zabezpieczenia;
2) przedmiotu zabezpieczenia;
3) osoby ustanawiającej zabezpieczenie.

Najczęściej stosowanymi zabezpieczeniami umowy faktoringowej są:
1) weksel in blanco;
2) poręczenie wekslowe — awal;
3) poręczenie według prawa cywilnego;
4) przyrzeczenie w trybie art. 391 kc.;
5) pełnomocnictwo do dysponowania rachunkiem bankowym faktoranta przez faktora;
6) akt notarialny, w którym dłużnik poddał się egzekucji;
7) ubezpieczenie transakcji faktoringu;
8) zastaw;
9) hipoteka;
10) przewłaszczenie na zabezpieczenie.

Odrębnym zagadnieniem jest aspekt tworzenia funduszu gwarancyjnego i traktowania go jako jednego z elementów zabezpieczenia transakcji faktoringu. Fundusz gwarancyjny to środki pieniężne pochodzące z dokonania przez faktora odpisów od wartości każdej faktury nabytej w ramach umowy faktoringu i zablokowane na odrębnym rachunku rozliczeniowym. Wysokość odpisów na fundusz, podobnie jak należność w formie odsetek od jego oprocentowania dla faktoranta, są negocjowane indywidualnie podczas spisywania umowy faktoringowej. W Polsce najczęściej instytucje faktoringowe nie stosują zasady naliczania odsetek od środków zgromadzonych na funduszu gwarancyjnym, mimo iż środki w nim zgromadzone przez cały czas trwania rozliczania wierzytelności pozostają do dyspozycji faktora.

Artykuł jest zredagowanym za zgodą Wydawcy fragmentem książki Jacka Czareckiego „Faktoring jako instrument finansowania działalności MSP”(Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2007). Książka ta zawiera syntezę wiedzy na temat faktoringu oraz prezentuje wyniki badań efektów zastosowania faktoringu w przedsiębiorstwach.